sam 文件第二列flag含义：

1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序

2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有错配和插入缺失

4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上

8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上

16：代表这个序列比对到参考序列的负链上

32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上

64 ： 代表这个序列是R1端序列， read1;

128 : 代表这个序列是R2端序列，read2；

256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的

73 = 64+8+1 （R1匹配上，R2没有匹配上）

153 = 128+16+8+1（R2比对到负链接，R1没有匹配上）

97 = 64+32+1 (R2比对到负链，R1不是完全匹配)

99 = 64+32+2+1 （R2比对到负链，R1完全匹配）

147 = 128+16+2+1 （R2完全匹配到负链）

145 = 128+16+1 （R2比对到负链，R1不是完全匹配）

83 = 64+16+2+1 （R1完全匹配到负链）

163 = 128+32+2+1（R2完全匹配，R1比对到负链）

 

M alignment match (can be a sequence match or mismatch) insertion to the reference

D deletion from the reference N skipped region from the reference

S soft clipping (clipped sequences present in SEQ)

H hard clipping (clipped sequences NOT present in SEQ)

P padding (silent deletion from padded reference) sequence match

 

 

还有一些可选的tag，格式为tag:type:value   例如：NH:1 代表的是read alignment的个数，表示这个read只mapping到基因组一次